Multistate, epidemia zapalenia wątroby typu A z udziałem żywności cd

Przetestowano zakład przetwórczy i pola uprawne, aby określić warunki, które mogły przyczynić się do skażenia truskawek. Amplifikacja RNA wirusa zapalenia wątroby typu A.
Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR) została zastosowana do amplifikacji RNA HAV, a produkty odpowiednie do analizy sekwencji w dwóch regionach genomu były dostępne dla 118 pacjentów z Michigan, 10 pacjentów z Maine i 16 pacjentów z innych państw, którzy spożyli zamrożone truskawki od ten sam procesor. Próbki od pacjentów z zapaleniem wątroby typu A w innych lokalizacjach badano w celu określenia częstotliwości tła sekwencji HAV związanej z wybuchem infekcji. Przebadano łącznie 98 pacjentów, którzy nie mieli historii podróży do obszarów, w których HAV był endemiczny. Spośród tych pacjentów 21 mieszkało w hrabstwach stanu Michigan innych niż Calhoun i Saginaw w 1997 r., 7 mieszkało w północnej Kalifornii w latach 1995-1997, 16 mieszkało w Salt Lake City w 1996 r., A 54 mieszkało w jednym z sześciu okręgów nadzoru wartowniczego – Pierce County, Washington; Jefferson County, Alabama; Multnomah County, Oregon; Hrabstwo Pinellas na Florydzie; Hrabstwo Denver, Kolorado; i Contra Costa County w Kalifornii – od 1996 do 1997 r.10. Druga grupa składała się z 61 pacjentów, którzy przypuszczalnie nabyli zakażenie HAV w Meksyku. Pięciu z tych pacjentów zostało zidentyfikowanych podczas badania serologicznego w Meksyku w 1995 r., A 56 było mieszkańcami jednego z sześciu powiatów wartowniczych, którzy podróżowali w Meksyku w latach 1996 i 1997.
Tabela 1. Tabela 1. Startery oligonukleotydowe stosowane do amplifikacji RNA wirusa WZW typu A z próbek klinicznych. RNA HAV amplifikowano z surowicy lub próbek kału metodą PCR z odwrotną transkrypcją (RT-PCR), a następnie PCR drugiej rundy (Tabela 1). Regiony złączy VP3-VP1 i połączenie VP1-P2A genomu HAV amplifikowano.12 RNA HAV ekstrahowano z próbek surowicy pozytywnych dla przeciwciał IgM przeciwko HAV, które uzyskano podczas ostrej fazy choroby z użyciem metod. do wykrywania RNA wirusa zapalenia wątroby typu C. Krótko mówiąc, 100 .l surowicy zmieszano z Tri-czystym odczynnikiem izolacyjnym (Boehringer Mannheim, Indianapolis) i inkubowano w temperaturze pokojowej, po czym dodano 200 .l chloroformu. Mieszaninę schłodzono na lodzie i odwirowano. RNA wytrącono z fazy wodnej przez zmieszanie próbki z równą objętością lodowatego izopropanolu i 40 .g glikogenu jako nośnika (Boehringer Mannheim), a następnie inkubację i wirowanie w temperaturze 4 ° C. Osad RNA przemyto raz 70% etanolem, wysuszono i ponownie zawieszono w 10 .l wody wolnej od RNazy. RT-PCR i zagnieżdżony PCR przeprowadzono w sposób opisany uprzednio. Próbki stolca przekształcono w 10% zawiesiny, 14 HAV wyizolowano immunologicznie z 100 .l próbki, RNA uwolniono, a RT-PCR przeprowadzono w sposób opisany uprzednio.15,16.
Sekwencjonowanie kwasu nukleinowego
Produkty PCR oczyszczono przy użyciu zestawów do oczyszczania QuiQuick PCR (Qiagen, Chatsworth, CA), przeprowadzono reakcję sekwencjonowania za pomocą zestawu do sekwencjonowania cykli Prism Dye Terminator (Applied Biosystems, Foster City, CA), produkty reakcji oczyszczono (wirowanie Centri Sep kolumny, Princeton Separations, Adelphia, NJ) i elektroforeza została przeprowadzona za pomocą automatycznego sekwencera (model 373 lub 377, Applied Biosystems) na 14 godzin zgodnie z instrukcjami producenta
[patrz też: klimakterium, cilostazol, polyporus ]
[hasła pokrewne: objawy chłoniaka, modlitewne sos, objawy grzybicy pochwy ]